• Limpiador: elimina archivos temporales del navegador, del Explorador de Windows, del sistema operativo y de programas de terceros. También ofrece la posibilidad de añadir funciones de limpieza un poco más avanzadas. Para un borrado más seguro se pueden realizar 1, 3, 7 o hasta 35 pasadas para que sean menos recuperables por parte de programas especializados. El programa además puede limpiar el equipo cada vez que se inicie.

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• Registro: localiza y corrige problemas como extensiones de archivos, direcciones de programas inválidas y otras entradas no válidas. Para estar más seguridad, CCleaner permite hacer una copia de seguridad del registro antes de limpiarlo.

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• Herramientas: desinstala programas tal y como el panel de control de Windows, además ofrece la posibilidad de renombrar la entrada del programa, borrarla (eliminar del panel de control el programa pero sin desinstalarlo) y guardar a un archivo de texto. La función herramientas incluye la posibilidad de inhabilitar el inicio automático de algunas o de todas las aplicaciones a fin de dejar solo las necesarias para poder tener una mejor velocidad de arranque y apagado del sistema operativo, tal y como lo hace el comando msconfig de Windows.